少年三国志2的故事模式以三国历史为背景，玩家将扮演时空局实习生穿越至三国时代，通过完成主线任务推动剧情发展。该模式包含列传副本、时空外传等核心玩法，其中列传副本如刘备传还原了桃园结义等经典桥段，首次进入时会触发剧情引导，玩家可选择跳过或观看。通关后能获得列传残卷用于激活属性加成，同时解锁自由探索模块奇遇任务，隐藏宝箱和特殊事件需反复探索地图才能触发。
故事模式的战斗机制采用回合制策略，武将出手顺序按阵位交替进行，怒气值满4点可释放技能。副本中常设置分支选项，例如教训泼皮环节可选择交钱或反击，不同选择会影响后续剧情走向但不会改变最终结局。部分关卡如仙山对弈存在战力门槛，需通过击败敌人获取减攻、回血等增益buff来降低挑战难度，若未出现关键buff可退出副本刷新重选。
资源收集是故事模式的重要环节，玩家需在地图中寻找摇钱树、宝箱等交互物件获取道具。例如八卦奇阵副本要求按日志顺序击败武将并收集全部宝箱，最后一个宝箱通常隐藏在步练师左下角或木箱等易忽略位置。鞭笞黄盖等特殊关卡需优先击杀小怪再集火BOSS，推荐使用徐庶、马超等针对性武将。
故事模式与武将养成深度绑定，通关主线章节可解锁武将图鉴，激活后能查看立绘、技能及缘分信息。武将升星可同步提升图鉴星级，消耗图鉴升星石能获得全队属性加成。部分高阶内容如灵山问道需搭配特定神兵，例如诸葛连弩适合主力输出，古锭刀则用于残局收割。
战斗方面需注意阵容克制与增益搭配，对于卡关的副本可尝试调整出手顺序或刷新buff策略。
